唐太宗深為孫祖的高尚品德和為人處事的精神風貌所感動，同文武百官將他送出皇城，任他去名山大川採集藥材，為黎民百姓救死扶傷，任何人不得阻攔。唐太宗十分欣賞孫祖，後來還曾親臨華原拜訪孫祖，並賜他頌詞一首。直到現在，藥王山南庵內還留有唐太宗御道、「拜真台」、「唐太宗賜真人頌」古碑一通等。
虎守杏林典故距今已有一千三百多年歷史，精研醫學併兼通玄門典籍，被譽為「藥王」的唐代著名醫學家孫祖晚年曾雲遊於邱縣。觀其景物優美，民風淳樸，遂留連忘返客寓郊寺，懸壺行醫無欲求，施醫無類，師承董奉為人治病不收錢，不受謝，惟望患者病癒後在寺旁植杏樹三株，經年植杏樹百畝，郁然成林，杏熟以杏易谷賑貧。
此間，有虎伏跪求醫，孫祖首創「虎撐」治癒金簪卡喉之疾，虎有靈性，不復危害人畜，感恩為其守護杏林並充當藥王坐騎。藥王佩逝，虎繞寺哀嘯三日，不知去向。
名傳朝野，著書傳世
諭該三教，方著《千金》
唐高宗永徽三年，孫祖根據多年來的行醫經驗，並會通古今，撰成了《備急千金要方》，共三十九卷，三百二十三門，方、論共五千三百首。其內容包括診療、針灸、導引、按摩等，相當全面。提出了「人命至重」的道家醫療觀點。書中記載了具體治療腳氣病的方法，比歐洲人早一千多年。他把婦、兒科目放在卷首，以示重視；孫祖看到復方，一方可治多病或多方可治一病的方法。
永徽四年，全國瘟病流行，一時難以控制。一些僧道藉機以「秘丸」、「神丸」欺騙患者，大發橫財。這年四月，朝廷下令全國禁止僧、道游醫為民治病，違者予以治罪。孫祖得知這個消息後，遂隱居耀縣城東的五台山。
在五台山中，他除了煉養氣功還精心煉丹製藥，以備將來為民治病。孫祖著《丹經》、《攝生真錄》、《福祿論》、《五兆算經》和《明堂經圖》，還為《老子》、《莊子》作了注，為道教的理論建樹，作出了貢獻。
顯慶二年，唐高宗詔令檢校中書令許敬宗等人會同名醫撰寫《唐新本草》。第二年，孫祖被召至長安，住在鄱陽公主舊宅。在編寫《新本草》過程中，他不僅對陶弘景《本草》《名醫別錄》作了訂正，並增補了百多種自己曾實踐有效的藥草。顯慶四年（公元659年）四月，圖文並茂的一部《唐新本草》撰寫完成，這是世界上首部國家藥典，共五十五卷，八百四十四種藥物。由於孫祖參編有功，唐高宗親自召見，並授予諫議大夫職，孫祖固辭不受，孫祖願到殿中省尚藥局工作。於是，高宗親授他承務郎。這承務郎屬從八品寄祿文散官，享受國家待遇。尚藥局無具體任務，僅是指導御醫診病和用藥。孫祖在此任上，因時間充裕，精研醫學和道教典籍。
孫祖因有高尚的醫德，精湛的學識，曾多次隨高宗出遊，並結識了不少當朝名士，書法家宋令文、醫藥學家孟詵皆拜師問道。太醫謝季卿，針灸學名醫甄權、甄言兄弟和藥性學家韋慈藏等，經常到孫祖居處研討學問和醫技。孫祖在特殊的情況下，還為朝廷命官看病治病。大理寺卿趙某患風濕性膝關節炎，入朝無法跪地，經孫針灸治療，月余天氣，病患全除。還有「初唐四傑」之一的盧照鄰，懷才不遇，身患絕症，不能赴任，臥病長安，後經孫醫治，痊癒了。盧照鄰便拜思邈為師，並從師學習醫術推步、導引天文、養生等。盧照鄰後來，成為唐代很著名的「仙宗十友」之一。
唐高宗顯慶六年（公元661年），高宗讓權，武則天「稱制」。孫祖曾離京隱居嵩山修道。有一年，大旱不雨，武則天下詔選道德高尚的僧人祈雨，但無效；無奈，只好召孫祖入宮於內殿設壇行祈，當夜大雨。思邈說：「我修心五十年，不為天知，伊、洛二龍告訴我：若不是做有利於國家和人民的事，怎麼能升仙？」後來，我撰寫了《千金方》行傳於世。
高宗咸亨四年，高宗患病，詔孫祖入宮，蒙高宗看重。上元元年，孫祖打算訂補《千金要方》，藉口患疾，請允還山。高宗感其忠誠侍御十六年，特賜良馬和原鄱陽公主封邑，後來，孫祖回到華原五台山。於開耀元年，撰成三十卷《千金翼方》。是年冬天，孫祖無疾而終，享年141歲。孫祖遺囑弟子對其薄葬，不藏明器，不奠牲牢。停屍月余，顏貌如生，色潤不改。入殮就棺時，發現衣裳空空，人們感到很奇怪，都認為是屍解成仙了。孫祖傳世著作達七十七種，加上一些節本總八十六種。其中最著名的《千金要方》《千金翼方》被後世奉為醫學聖典。
唐高宗咸亨二年，《千金要方》流傳到日本，視為國寶。宋英宗治平三年，林億奉詔修《千金要方》，刊布於世。宋徽宗宣和四年，郭思刪節《千金要方》為《千金寶要方》，刻石於華州官署。明代宗景泰六年，楊勝賢木刻本傳世。明穆宗隆慶六年，刻《千金寶方》、《海土方》石碑於五台山。唐末，時人稱五台山為「藥王山」，並建「藥王祠」。
宋徽宗封孫祖為「妙應真人」，明世宗定他為「先臣」，清順治奉他為「神醫」。此後，「藥王孫祖」家喻戶曉人人皆知。
潛心醫藥治病救人
淡泊名利得道升仙
據史書記載，孫思邈從小勤奮好學，七歲讀書，每日能背誦一千多字，有「神童」之稱。二十歲已精通諸子百家學說，融匯三教，尤其擅長天文、曆法、占卜等術。
關於孫思邈的學醫經歷，據《千金藥方》自序所說：「其自小體弱多病，又看到周圍百姓為病折磨而死的慘狀，遂萌生了精研醫道的決心。
孫思邈一生刻苦鑽研，他將唐以前所流傳下來的各種藥方及自己行醫的驗方，同時又廣泛收集民間的各種藥方及經驗，遂著成了聞名於世的醫學寶典《千金要方》。
孫思邈所著的《千金要方》三十卷，內容極為豐富，分醫學總論，婦人、少小嬰孺、七竅、諸風、腳氣、傷寒、內臟、癰疽、解毒、備急諸方、食治、平脈、針灸等，共計二百三十二門，收方五千三百例。其中，該書還首創「復方」的先例，如《傷寒論》的體例是一病一方，而他在《千金要方》中發展為一病多方，還靈活變通了張仲景的「經方」。他有時兩三個經方合成一個「復方」，以增加治療效果；有時一個經方分成幾個單方，以分別治療某種疾病。這是他對醫學的重大建樹，也是醫學史上的重大革新。
《千金翼方》是孫思邈對《千金要方》的補編書。此書共三十卷，其中他將唐代以前本草書中沒有記載的810餘種藥物，進行考證和實踐，並補充了很多方劑和治療方法。《千金翼方》和《千金要方》兩部書，合稱為《千金方》。《千金方》是唐以前醫藥成就最全面、最有價值的系統總結，它是我國現存最早的醫學類書。
《歷代名醫圖贊》說：「唐孫真人（真人，即對高道的稱謂），方藥絕倫，扶危拯溺，應效如神」。宋代郭思高度評價《千金方》時說：「世皆知此書為醫經之寶」。清代醫學家徐大椿說：「用意之奇，用藥之妙，亦自成一家」。
隨著盛唐文化的對外交流，《千金方》也隨之走向國外，深深影響了諸如日本、韓國、朝鮮的漢醫文化。
孫思邈在煉丹活動方面，他總結了唐以前的煉丹方式、方法、用藥及配方等，最後提出了「硫磺伏火法」的論述和方法。對我國「火藥」的發明做出了巨大貢獻！
孫祖是古今醫德醫術堪稱一流的名家，尤其對醫德的強調，為後世的習醫、業醫者傳為佳話。他的名著《千金方》中，也把「大醫精誠」的醫德規範放在了極其重要的位置上來專門立題，重點討論。而他本人，也是以德養性、以德養身、德藝雙馨的代表人物之一，成為歷代醫家和百姓尊崇備至的偉大醫學人物。
唐代名醫孫祖被尊為藥王，他卻不用動物入藥。他說：「自古名賢治病，多用生命以濟危急，雖曰賤畜貴人，至於愛命人畜一也。損彼益己，物情同患，況於人呼！夫殺生求生，去生更遠。吾今此方所以不用生命為藥者，良由此也。」（《備急千金要方》）
隋文帝輔政時期，欲聘其為國子博士，遭其婉拒，並說：「五十年後，自會有聖人出世，那時我自然會去助他，以濟生人」。唐太宗時，下旨召請思邈入京。但當太宗皇帝見到其真人時，不禁驚訝其容貌仿若少壯一般，感嘆道：「我素來聽說道長之德行，對您十分尊重，真羨慕那些能在您門下從學的徒眾，這是我的真心話」。遂欲授以爵位，思邈固辭不受。唐高宗初即位時，欲拜其為諫議大夫，思邈復固辭之。