12、太白三神
相傳孫思邈初到太白山，滿山遍野的豐富草藥，吸引他整天起早貪黑地忙於採藥。這樣驚動了守護太白山的太白神三兄弟。他們早先立有規矩，不准任何人動太白山的一草一木。孫思邈來拜會太白三神，向他們申述了採藥的理由，太白三神仍不應允。
無奈孫思邈說只需要一草之地，他們便答應了。然而後來他們發現孫思邈還是滿山遍野去採藥，問其緣故，孫思邈說：我所說的一草，名叫冰凍草，這種草在太白山到處皆是，故我在太白山到處去采。太白三神恍然大悟。孫思邈再次闡明了為普救眾生而採藥的動機，太白三神深為他的機智和高尚精神而感動，終於同意了他的請求，任他進山到處採藥。
13、太白手掌參
相傳孫思邈在太白山采了許多名貴藥材，其中包括太白山的特產---人參。不料人參成了精，趁人不在偷偷逃離太白山。孫思邈回來一看，不見人參，就四處尋找，後聞知其向東北方向逃走了，便緊緊尾追，一直追到東北長白山，才追上它。孫思邈要它回去，人參怎麼也不肯。
孫思邈一氣之下，取出一根紅繩，捆住人參的雙手拉回太白山。途中，回頭一看，只剩下人參精的兩隻手，便把它種在太白山上。從此太白山生長的人參就成了手掌參。
14、坐虎針龍
孫思邈當初是騎毛驢出門行醫的。相傳有一天，他把毛驢拴在樹上，同徒弟進山採藥去了。這時有一隻猛虎從樹林中躥出，吃掉了毛驢。當孫思邈和徒弟聞聲趕來時，老虎已跑得無影無蹤，只剩下遍地血跡和驢的骨骸了。孫思邈對此非常生氣。說也奇怪，吃驢的老虎又回來了，口角還流著血，低垂著頭，眼中流露出哀求的神色，求孫思邈為他治療被驢骨刺扎傷的喉嚨。徒弟對老虎說：「你若願為我師父當坐騎，就點三下頭。」
於是老虎就點了三下頭。孫思邈叫徒弟將醫鈴放入虎口把虎嘴撐開，手伸進去把那根骨刺拔了出來。孫思邈治好了老虎的病，老虎馴服地讓孫思邈騎在它的背上。從此，孫思邈騎著老虎又開始行醫和採藥去了。
相傳涇河龍君奉玉皇大帝之旨，為普救百姓而行雲降雨，不料龍君卻因喉中生惡瘡，降成惡風暴雨。這時孫思邈正在出診，遇雨難以行路，自語道：「這是病龍降雨。」龍君在空中聽了此話，感到神奇，於是變化為一個白髮老翁，前來向孫思邈求醫。孫思邈就在路旁一塊大石頭上給他診脈。
診脈後問道：「你非人類，像是龍脈，需顯出真形方能給你治療。」白頭老翁頓時變成一條白龍。孫思邈鎮靜自若，面無懼色。他左手掰開龍口，右手緊握銀針，瞅准惡瘡，一針紮下去，霎時膿血流淌，針到病除。過了一天後，龍君果然病癒身爽，又為黎民行雲降雨去了。
15、千金翼方
孫思邈在《備急千金要方》問世30年之後，於唐開耀元年（公元681年），又完成了《千金翼方》巨著計30卷。《千金翼方》是孫思邈取「輗軏相濟、羽翼交飛」之意，補充《要方》之不足，並同《要方》一起，「共同成一家之學」的一部專著，是他一生智慧的結晶和成果的總結。全書通篇多以方劑為主，容納了以湯、散、丸、丹等分類的可治六十餘種疾病的方劑二千九百餘首，容納了按玉石、草、木、獸等分類的藥名872種，其價值極其珍貴。據傳《千金翼方》的最後幾卷，是由他口述，由他的孫子孫溥代筆而最後完稿的。
輗軏：是指車轅與車衡相接的地方。這一句的意思是：車的平衡運行，鳥的上下翻飛。
16、海上仙方
孫思邈治好了涇河龍王的病，龍王一心要報答他，便派夜叉神出海，把他請進了水晶宮。龍王感激地向孫思邈贈送輕綃珠寶以作報答，被他客氣地謝絕了；又請他留在水晶宮裡同享洪福，也被他謝絕了；最後，龍王想到龍宮珍藏的《海上仙方》，便送給他，說：「此是龍宮所藏的秘方，乃真道者，可以濟世救人。」孫思邈十分高興地接受了。孫思邈辭謝了龍王，由夜叉神背出海去。後來，他利用《海上仙方》的秘方，治癒了不少疾病，又把這些秘方寫進《千金方》著作中，在醫學上發揮了很大的作用。
17、巧醫唐王
貞觀初年，唐太宗李世民在一次抵禦外寇入侵的征戰中，被敵軍困於一座山頭上。他在山上的水潭飲水時，由於體困頭暈，把他頭上戴的龍紋玉飾映在水中的倒影誤看成是一條小蛇，總疑心自己飲水時吞下了這條小蛇。待班師回朝後，他越想越覺得噁心，進而嘔吐，竟成疾病。宮中太醫用藥幾劑，均不能愈。魏徵又請來孫思邈為他診治。
孫思邈見唐太宗面無病容，腹中並無異物。弄清病因後，他苦苦思索：蛇若吞進肚子，症狀應更嚴重，但現在是幻覺疑惑，實為心理疾病。孫思邈先給唐太宗開了安神之藥，然後拿來唐太宗出征時戴的帽子，讓人打來一盆水，再叫唐太宗觀看。唐太宗在盆水中一看龍紋倒影，恍然大悟，消除了他的疑慮，病也就治好了。
18、導引調氣
孫思邈在終南山曾集中研究道林養性，導引調氣。他主張養性要動靜結合，按摩導引是動，調氣補瀉是靜。練靜功時，他常在空氣清新的早晨，在山間清泉旁邊的巨石上，曲腿打坐，「口吐濁氣，鼻引清氣，閉目存思，至腹中有聲汨汨然」。通過調氣、養氣排除一切雜念，完成一套動作，達到強健祛病的目的。他還對練氣的時間作了具體規定。
他要求人們善於掌握和運用幾種簡單的調氣方法，以簡馭繁，治療許多不同的疾病。
19、藥王棧道
告別了家眷和鄉親的孫思邈，來到秦嶺的主峰。太白山。太白山以終年積雪而馳名，這裡疊峰巒嶂，氣象萬千，植物中藥材十分豐富。他在太白山平時為山區群眾行醫治病，待到七八月「開山」 時節，他同山民、道士一起，背著背簍，帶著弓箭，進深山到頂峰，攀懸崖，爬絕壁，採集許多名貴的藥材而歸。
孫思邈對太白山藥物研究做出了偉大的貢獻。
現在，遊人在進山的路邊，可以看到孫思邈當年開鑿的石條石板棧道和石壁上的「藥王棧道」字樣，可以想像當年孫思邈進山採藥的艱難險阻。
20、採集五靈脂
孫思邈在太白山採藥期間，從山民口中得知有一種叫五靈脂的名貴藥材，是活血的良藥。五靈脂原是寒號鳥的帶血糞便。寒號鳥棲身在懸崖石縫裡，其糞便也散落在懸崖上，天長日久形成許多暗紅色的結塊，這就是五靈脂。要采這種藥，需要用繩索把人吊到懸崖上才能採到。那繩索除易被山石磨斷外，最危險的是被崖石縫裡出來的名叫 「飆」的大甲蟲咬斷，繩一斷，人就墜崖喪生。
對此，孫思邈苦苦思索了很長時間，終於想出了好辦法：他給繩索套上一節節粗竹筒，然後讓人們一起登上石崖頂，把繩索一頭系在樹上，另一頭系在人的腰裡，把人吊到懸崖半空采五靈脂，這樣就安全多了，再也不用擔心繩索被「飆」咬斷了。
21、妙解陰陽
孫思邈畢生精研醫學和百家學說，到百歲時，已是經驗豐富，爐火純青，形成了一套精闢的醫學理論。他認為：大自然有四時五行，寒暑交替，有其變化的規律。人體和自然界同是一理。人體生理有五臟六腑，呼吸吐納，也有其自身的規律。
如果陰陽失調，就會導致疾病。醫生的職責就是調節和把握人體的陰陽平衡，以達到治病的目的。他說：「良醫導之以藥石，救之以針劑，聖人和之以至德，輔之以人事。故形體有可愈之疾，天地有可消之災」。相信人只要善於「妙解」和調理，就會防止疾病的發生。他的這些理論是中國古代醫學史上全新的科學理論。
22、命名「阿是穴」
巴蜀一帶有個老獵人患腿疼病，發病時疼痛難忍。他多方求醫均無效果。幾經周折，終於找到孫思邈。孫思邈決心要把老獵人的病治好。但治了十餘天，針藥俱用，亦療效不佳。
他想：針灸的穴位均未出十四經內，是否此外還有可療疾的穴位？他在老獵人的腿上按壓，當壓到腿部的一個痛點上的時候，老獵人突然大聲叫道；「啊，是」，孫思邈掐住這個痛點，便在此處試行針灸。不一會兒，老獵人便腿疼減輕多了，慢慢入睡了......最後直到老獵人病癒，方高興而歸。